풀 메탈 패닉 보이 밋 걸

이야기는 한 소녀의 도주 장면에서 시작된다. 적의 군용 헬기에서 그 소녀를 구한 것은 평화유지 활동을 하고 있는 비밀 조직 '미스릴'소속 중사 사가라 소스케. 암 슬레이브라는 인간형 이족보행 병기 'M9(건즈 백)'에 탑승한 군인이었다. 구출한 그 소녀는 '위스퍼드(속삭임을 듣는 자)'로, 존재하지 않는 기술 '블랙 테크놀로지'를 가지고 있는 인간이었다. 한편, 사가라 소스케는 새로운 임무로 여고생 '치도리 카나메'의 호위를 맡게 된다. 그녀 역시 블랙 테크놀로지를 가진 '위스퍼드'. 그녀의 능력을 노리고 있는 비밀 조직 '아말감'으로 그녀를 보호하라. 그런 사가라 소스케의 앞을 가로막은 것은 과거의 원수인 '가우룽'이었다! 그는 암 슬레이브를 자유 자재로 구사하며 서서히 사가라 소스케와 치도리 카나메를 몰아가는데...